당시 내몽골자치구에는 후룬벨, 시린거러 등 다섯개 맹에 32개 기, 1개 현, 3개 현급 시가 포함되었으며 면적이 54만 평방킬로미터 되었다. 자치정부는 왕야묘에 자리잡았다. 1949년 11월, 중앙인민정부 정무원 주은래 총리의 비준을 받고 자치정부를 장가구(張家口)에 설립했다. 이에 앞서 국민당 고위급 장령이며 수원성(綏遠省) 대리 성장이었던 동기무(董其武)의 인솔하에 19명의 장령들이 의거에 성공하여 수원성인민정부를 성립했었다.

1954년 3월 5일, 내몽골인민정부, 수원성인민정부위원회, 수원군정위원회, 수원성 각계 인민대표회의 협상위원회는 훅호트시에서 공동으로 확대회의를 열었다. 회의는 중앙인민정부 정무원의 명령에 근거해 3월 6일부터 수원성 구획제도와 성인민정부를 동시에 철회했으며 원 수원성 관할구역을 내몽골자치구에 합병해 내몽골자치구인민정부의 관할하에 두었으며 자치구인민정부 소재지를 훅호트시로 정했다.

현재 전 자치구에는 훅호트, 포두, 오해, 적봉, 통료, 어르도스, 후룬벨, 울란차부, 바얀노르 9개 시가 있으며 흥안, 아라싼, 시린거러 3개 맹, 만주리, 일렌호트 2개 단열시, 16개 현급시, 17개 현, 52개 기가 있다.

자치구에는 49개 민족이 살고 있는데, 그중 백만 이상의 인구가 있는 민족으로는 한족, 몽골족이며 인구가 10만 이상인 민족으로는 회족과 만족, 1만 이상인 민족으로는 조선족, 다우르족, 어원커족이 있다.