중미 신규발병과 재발전염병 협력대상은 중미 양국의 보건상들이 2005년에 체결한 관련 협의에 따라 진행하는 것입니다. 이 대상의 목적은 전염병분야에서 쌍방의 연구를 추진하고 양국 의무인원들이 전염병의 위협에 대처하는 능력을 높이려는데 있습니다. 쌍방의 초보적인 협상결과 대상 내용에는 조류독감의 연구와 예방통제, 전염병 실험실 감측시스템 구축, 전염병 현장조사와 처리 등이 포함됩니다.

중미 양국은 오래전부터 보건분야의 협력을 진행해왔습니다. 양국은 에이즈, 돌발공공위생사건처리 등에서 줄곧 긴밀히 협력하고 있습니다.